α-糖苷酶抑制剂的常见不良反应为胃肠道反应，如腹胀、肛门排气多等，偶尔可能出现腹泻，极少数出现腹痛。避免和减少不良反应的技巧是从小剂量开始服用，逐渐加量，并和第一口饭一同嚼碎后服用。有明显消化和吸收障碍的胃肠功能紊乱患者不宜服用此类药物。单独服用本类药物通常不会发生低血糖，合用α-糖苷酶抑制剂的患者如果出现低血糖，治疗时需使用葡萄糖，而食用蔗糖或淀粉类食物纠正低血糖的效果差。
