二甲双胍的常见不良反应为引起胃肠道不适，如恶心、异味感觉、腹泻等。从小剂量开始并逐渐加量是减少不良反应的有效方法。该药物对肝脏、肾脏和全身器官均无伤害作用。单独使用二甲双胍很少导致低血糖，但二甲双胍与胰岛素或促胰岛素分泌剂联合使用时，可增加低血糖发生的危险。
双胍类药物罕见的严重副作用是诱发乳酸性酸中毒，如果您有肝肾功能不全，或者有严重感染、缺氧，或要接受大手术，请禁用双胍类药物。在使用造影剂（如加强CT、血管造影等）检查时，应暂时停用二甲双胍。
