自1989年开始从事血液病临床及实验研究，在常见血液病，尤其是造血干细胞移植（HSCT）的诊断和治疗方面具有丰富的经验，解决了许多疑难杂症。坚持临床与实验研究相结合的科研思路，在临床工作中发现问题，用科学的方法阐明问题，进而用于临床提高诊疗水平，并在以下方面做出了比较突出的贡献。对具有国际原创性的HLA不合/单倍体HSCT的建立和完善进行了较为系统的临床和实验研究；利用rhG-CSF诱导免疫耐受的研究成果对HSCT后复发白血病的传统供者淋巴细胞输注（DLI）治疗技术进行了的改造，具有国际原创性；提出了移植后复发防治的新策略，使得我们的异基因造血干细胞移植技术达到国际先进水平，属于国内领先；对真菌感染的防治进行了探索性研究，尝试利用细胞分子生物学技术筛查移植后各种合并症，找到其相关生物学标记等。目前已经国内外学术期刊上发表论文200余篇，其中SCI论文50余篇，专著20部。负责承担国家自然科学基金、国家“863”基金、“985”基金、北京大学211基金、卫生部基金、教育部博士点和“新世纪人才”等10余项基金。
今年在科研方面也取得了喜人的成绩，截止目前黄晓军教授作为第一作者和通讯作者共发表或已经接受SCI论文23篇；国内核心期刊论文52篇；目前承担科研课题10余项。
在研主要课题：
1) 项目负责人：黄晓军。
2) 国家杰出青年科学基金。项目负责人：黄晓军。
3）国家科技重大专项-重大新药创制（2008zx09312-026）中的血液恶性肿瘤新药临床评价研究技术平台和体系建设课题，项目经费分别为130万，项目负责人：黄晓军。
4) 国家自然科学基金面上项目：树突状细胞在非去T 细胞的HLA 不合造血干细胞移植中作用的研究，经费31万元，项目负责人：黄晓军。
5）卫生部部属（管）医院临床学科重点项目：异基因造血干细胞移植治疗难治/复发急性白血病的新策略，经费200万，项目负责人：黄晓军。
6）863：急性白血病的分子分型和个体化诊疗。人民医院血研所参加，子项目负责人：黄晓军。
7）首都医学发展科研基金：造血干细胞移植新方法的临床和实验研究。项目负责人：黄晓军
目前黄晓军教授的主要学术兼职情况：
第八届中华医学会血液分会任主任委员；中华医学会血液分会造血干细胞移植应用学组组长；中国医师协会血液科医师分会会长；中国病理生理学会实验血液学专业委员会副主任委员兼秘书长；中华医学会血液学分会第7届委员会常务委员；中华医学会北京分会第七届血液专业委员会主任委员；中华医学会医学细胞生物学分会第三届委员会常委委员；北京医师协会血液专家委员会主任委员；国家自然科学基金委员会第十三届医学科学部专家评审组成员等
鉴于黄晓军教授在恶性血液病治疗及造血干细胞移植相关的科学领域中所作出的巨大贡献，我们推荐其当选2010年度北京大学人民医院科研成就奖。
