对造血干细胞移植技术及其各种合并症、各种血液系统恶性肿瘤的诊治具有丰富的临床经验。是国内造血干细胞移植及血液肿瘤治疗领域的领军人物。率先探索并完成了人类白细胞抗原（HLA）不合/单倍体造血干细胞移植的临床和试验研究，彻底解决了供髓者来源的问题并使该类型移植效果居国际领先水平；在国内最早成功地开展了非血缘造血干细胞移植，并完善了该技术体系；领导了非清髓移植的临床工作；对移植后复发白血病的传统治疗技术进行了突破性的改造。是第一个真菌感染治疗指南的执笔者及制定者之一。
① 在临床方面：随着血液移植床位的增加，黄晓军带领的团队在造血干细胞移植（特别是单倍体相合的造血干细胞移植）方面继续保持增长的势头，预计全年共完成移植400例，其中单倍体移植300例；个人完成门诊量约3600人次。
② 在科研方面也取得了喜人的成绩，截止目前黄晓军教授作为第一作者和通讯作者共发表或已经接受SCI论文23篇；国内核心期刊论文52篇；目前承担科研课题10余项。
在研主要课题：
1)项目负责人：黄晓军。
2)国家杰出青年科学基金。项目负责人：黄晓军。
3）国家科技重大专项-重大新药创制（2008zx09312-026）中的血液恶性肿瘤新药临床评价研究技术平台和体系建设课题，项目经费分别为130万，项目负责人：黄晓军。
4) 国家自然科学基金面上项目：树突状细胞在非去T 细胞的HLA 不合造血干细胞移植中作用的研究，经费31万元，项目负责人：黄晓军。
5）卫生部部属（管）医院临床学科重点项目：异基因造血干细胞移植治疗难治/复发急性白血病的新策略，经费200万，项目负责人：黄晓军。
6）863：急性白血病的分子分型和个体化诊疗。人民医院血研所参加，子项目负责人：黄晓军。
7）首都医学发展科研基金：造血干细胞移植新方法的临床和实验研究。项目负责人：黄晓军
③ 在教学方面：2010年黄晓军教授指导的3名博士研究生毕业顺利毕业，新招收博士研究生2名。
其它：多次受邀并作国际大会报告，包括2005年欧洲血液年会、2005日本血液年会、2006年日本全国非清髓HSCT会议，2006 年韩国汉城造血干细胞国际会议，2007年第一届欧洲脐血移植会议，2007年俄罗斯圣彼得堡造血干细胞移植会议及2007年德国汉堡国际实验血液学会议。2008年第二届俄罗斯厄尔巴乔夫纪念会暨儿童及成人造血干细胞移植年会，亚洲造血干细胞移植工作会议，第四届全球华人临床微生物暨感染学会年会&第11届西太平洋抗感染会议，亚太地区侵袭性真菌研讨会，香港亚洲血液研讨会等。2009年第50届美国血液年会、2009年第14届欧洲血液学会议（EHA）等。2010年美国BMT会议、荷兰全球血液顾问会议，韩国骨髓移植年会，2010年亚洲造血干细胞移植工作会议等。
全国性主要学术兼职
第八届中华医学会血液分会任主任委员；中华医学会血液分会造血干细胞移植应用学组组长；中国医师协会血液科医师分会会长；中国病理生理学会实验血液学专业委员会副主任委员兼秘书长；中华医学会血液学分会第7届委员会常务委员；中华医学会北京分会第七届血液专业委员会主任委员；中华医学会医学细胞生物学分会第三届委员会常委委员；北京医师协会血液专家委员会主任委员，国家自然科学基金委员会第十三届医学科学部专家评审组成员等。
