1983年毕业于北京医学院（现北大医学部）获医学学士学位，1992年获北京医科大学（现北大医学部）医学博士学位。1995-1998年作为访问学者赴美国德克萨斯大学医学院外科。1998－2006年任北京大学人民医院胃肠外科副主任、主任。1998－2016年任北京大学人民医院院长助理、副院长、院长。2003-2005兼任北京大学医学部主任助理。2003-2012北京大学党委委员。2003年－2015年受组织委派兼任北大医疗集团董事长、北京大学国际医院创始院长。1998年至今担任北京大学人民医院外科肿瘤研究室主任。2015年至今任北京大学人民医院医学大数据中心主任。王杉教授长期从事普通外科疾病的筛查、诊断、治疗、随访和临床研究工作，尤其擅长胃肠道肿瘤的诊断及治疗。领导医疗和学术团队开展了消化道恶性肿瘤的综合治疗、胃肠道间质瘤的外科治疗与分子靶向治疗、结直肠癌肝脏转移癌的外科治疗、普通外科疾病的微创手术治疗等临床实践和研究工作；以及医学教育研究和现代医院管理研究。先后主持完成或参与承担国家级、省部级科学研究课题40余项，在学术期刊上发表了400余篇科研论文，主持、参与编撰或翻译论著和译著16册。

先后兼任中国医院协会副会长；中国卫生经济学会副会长、中国卫生经济学会医院经济管理专业委员会主任委员；国家卫健委能力建设与继续教育中心现代医院能力建设专家委员会主任委员、外科专家委员会主任委员；中国医师协会副会长（第三届）、中国医师协会外科学分会会长（第二届）、副会长、中华医学会外科学分会副主任委员，中国医师协会外科分会结直肠外科专业委员会主任委员、中国医师协会医疗风险管理委员会副主任委员、中国医师协会医学教育工作委员会副主任委员、中国医师协会临床医师职业精神研究中心副主任；中国医学装备协会智慧医院分会会长；教育部高等学校临床医学专业教学指导委员会副主任委员（2013-2017）、教育部医学教育临床实践教学指导分委员会主任委员（2013-2017）、教育部医学教育临床教学研究中心主任，教育部大学计算机基础教学指导委员会医药院校计算机与现代教育技术教学指导分委员会主任委员；国家卫生计生委国家卫生标准委员会委员、国家卫生标准委员会医疗服务标准专业委员会主任委员（第七届）、国家卫生专业技术资格考试专家委员会外科学专业委员会主任委员；中华医学会健康管理学分会主任委员（第二届）；中国医院协会医院社会工作暨志愿服务工作委员会主任委员（第一届）；北京医师协会副会长、外科医师分会会长，北京医学会外科分会副主任委员等职务。同时还担任了《Science Bulletin》、《JAMA Oncology》、《健康世界》、《中华普通外科杂志》、《中华胃肠外科杂志》、《中华外科杂志》、《中华实验外科杂志》、《中国实用外科杂志》、《美国外科年鉴中文版》等杂志主编、执行主编、副主编、编委。

2005年课题《基于网络环境的教学质量实时监控系统》获国家级教学成果一等奖、北京市教学成果二等奖、北京大学教学成果一等奖。2008年获批教育部创新团队（负责人）。2009年获得国家级名师称号。2009年课题《基于网络环境的临床医学自主学习体系及其信息化平台的建设与应用》获国家级教学成果一等奖、北京市教学成果一等奖、北京大学教学成果特等奖。2010年课题《网络教育关键技术及示范工程》获国家科技进步二等奖、北京大学科学进步一等奖。北京大学医学部桃李奖，香港外科学院荣誉院士（2013），2014年《德育为先、能力为重，推进临床实践教学综合改革》获国家级教学成果一等奖。欧洲外科学会荣誉会士（2015）。此外还先后获得北京市优秀德育工作者、北京大学优秀教师、北京市教育创新标兵、北京市先进工作者，中国医院协会优秀院长（2010）、医院管理突出贡献奖（2012）等奖励。